Căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an khởi tố vụ án hình sự "Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" xảy ra tại thành phố Hà Nội và các tỉnh, thành phố khác; đồng thời, ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét chỗ ở đối với ông Nguyễn Văn Yên, nguyên Phó Trưởng ban Ban Nội chính Trung ương, sinh năm 1966; chỗ ở: Phường Phú Thượng, quận Tây Hồ, thành phố Hà Nội để điều tra về tội "Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" quy định tại Điều 337 Bộ luật Hình sự.

Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã thực hiện tống đạt Quyết định khởi tố bị can, thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam, khám xét chỗ ở đối với bị can Nguyễn Văn Yên.

Hiện, vụ án đang được Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an tiếp tục điều tra, làm rõ để xử lý theo quy định của pháp luật.