Theo Thông tư, tổ chức thu phí là Cục Quản lý xuất nhập cảnh; Công an, Bộ chỉ huy Bộ đội Biên phòng các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Công an huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Công an xã, phường, thị trấn.

Tổ chức thu phí được trích lại 25% (thay cho mức 20% theo quy định tại Thông tư số 25/2021/TT-BTC) số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí. Trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí bao gồm cả các khoản chi hỗ trợ để thực hiện các nội dung sau:

Chi phí đi lại, ăn ở, thuê phiên dịch, canh giữ người nước ngoài bị lưu giữ; chi khám chữa bệnh khi người nước ngoài bị ốm; áp giải người nước ngoài cư trú trái phép, vi phạm pháp luật về nước. Chỉ sử dụng tiền phí trích lại để hỗ trợ các nội dung chi này khi cơ quan đại diện của nước có công dân vi phạm không chịu kinh phí hoặc không có cơ quan đại diện của nước có công dân vi phạm pháp luật ở Việt Nam.

Trường hợp có công bố dịch bệnh của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, tổ chức thu phí được quyết định chi các nội dung chi nêu trên và các chi phí trực tiếp phục vụ công tác phòng, chống dịch bệnh trong xử lý các trường hợp người nước ngoài vi phạm pháp luật.

Chi tập huấn, đào tạo bồi dưỡng nâng cao trình độ, kiến thức cho cán bộ, chiến sỹ làm công tác quản lý xuất nhập cảnh.

Chi ứng dụng khoa học công nghệ tiên tiến hiện đại phục vụ công tác quản lý xuất nhập cảnh.

Chi phục vụ đàm phán, hợp tác đối với đối tác nước ngoài phục vụ công tác cấp thị thực và các giấy tờ liên quan đến xuất nhập cảnh Việt Nam cho người nước ngoài.

Bổ sung thu nhập, nâng cao đời sống cho cán bộ, chiến sỹ làm công tác quản lý xuất nhập cảnh theo quy định của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng và phù hợp với quy định pháp luật hiện hành (nếu có).

Tổ chức thu phí nộp 75% (thay cho mức 80% hiện hành) số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.